Políticos, empreiteiros e servidores de prestígio das administrações Wilson Santos e Murilo Domingos foram parar atrás das grades em 2009. Onze pessoas ficaram presas por uma semana com a Operação Pacenas, deflagrada em 10 de agosto, para apurar possíveis fraudes nas licitações das obras do PAC em Cuiabá e Várzea Grande. Militares ligados à gestão Blairo Maggi também acabaram presos, desta vez com a deflagração da Operação Pluma, sob acusação de cometerem crimes de grilagem de terras na região do Vale do Araguaia. Em outra operação, apelidada de Bengala, servidores do INSS passaram à condição de suspeitos de fraudes no esquema de concessão de licenças médicas.
Na Pacenas, o então procurador-geral José Antônio Rosa foi um dos presos. Teve que pedir exoneração. Foi enquadrado como um dos suspeitos de fraudes nas licitações do PAC. As primeiras suspeitas da PF surgiram em agosto de 2007, quando o TCU apontou existência de cláusulas restritivas nos certames que, no entendimento do MPF, direcionariam o processo para a escolha do Consórcio Cuiabano, composto pelas construtoras Três Irmãos, Gemini, Concremax, Encomind e Lúmen Engenharia. Sócio-proprietário da Três Irmãos, o ex-secretário do governo Dante de Oliveira e primeiro suplente do PSDB na Assembleia, Carlos Avalone, foi preso junto com o irmão Marcelo Avalone.
O ex-prefeito de Cuiabá Anildo Lima Barros também foi parar atrás das grades, assim como o proprietário da Concremax, Jorge Pires de Miranda, e o ex-presidente do Sinduscon-MT, Luiz Carlos Richer. Em meio aos recursos e brigas jurídicas, os 11 acusados foram libertados e, por último, todo o inquérito arquivado. Acontece que as gravações de escutas telefônicas feitas pela Polícia Federal e que serviram de provas para a decisão judicial de quebra de sigilos, de bloqueios de bens e de recursos e das prisões, foram consideradas nulas.
Já na Operação Pluma, foram presos o ex-comandante da PM, coronel da reserva Adaildon Evaristo de Moraes Costa, o também coronel Elierson Metello de Siqueira, o sub-tenente Adalberto da Cunha de Oliveira, os capitães Robson Oliveira Curi e Antônio de Moura Neto e o major Wlamir Luis da Gama Figueiredo. A denúncia do MPF aponta que a quadrilha era chefiada por Gilberto Luiz de Rezende, com ajuda de Adário Carneiro Filho. A denúncia aponta que eles extorquiam dinheiro de fazendeiros em troca de segurança privada, que incluía violência física, psicológica, ameaça e até mortes contra sem-terra. Eles também teriam invadido áreas ao custo de até R$ 150 mil cada.
Operação Pacenas "desgraçou" a vida dos empresários Carlos Avalone e Jorge Pires, do advogado José Rosa e do ex-prefeito Anildo Lima (à esq.), enquanto a Pluma levou à cadeia os coronéis Adaildon Evaristo e Elierson Metello
